公司变更股东协议有效吗

一般情况是有效的，因为工商变更登记的规定在法律上并非是合同效力性的规定，它只是管理性规定，没有登记不会影响到它的效力。但是如果说协议本身写有以工商变更登记作为合同生效条件的话，没有登记则合同没有生效。

《公司法》第三十二条第二款规定，公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。